La première église de Malbuisson est construite en 1618. Elle est détruite par un incendie à la fin du XIXème siècle. La nouvelle église dédiée à St Claude est construite en 1932 dans une des parties hautes du village, sur les plans de l'architecte pontissalien Mognetti.
Elle est constituée d'un clocher-porche, d'une nef flanquée de 2 bas-côtés et coupée par un transept ouvrant sur le chœur. La nef, les bas-côtés et le chœur sont éclairés par des vitraux figuratifs dont la vivacité des couleurs égaie cette architecture sobre reprenant le vocabulaire architectural classique. Seuls le blason (daté 1618) de la chapelle primitive et la pierre de fondation d'une ancienne chapelle (datée 1715) ont été réutilisés dans l'édifice actuel.
Sont à remarquer : un Christ en croix en pierre (XIIème siècle) qui pourrait provenir d'une croix de chemin ou d'un calvaire ; deux autres Christ en croix (XVII et XVIIIème siècles), en bois peint polychromé ; une statue en bois peint de la Vierge Noire d'Einsiedeln signée et datée sous le socle : Maugain, 1786. Il s'agit sans doute d'un sculpteur local, inconnu par ailleurs.
La dévotion à la Vierge Noire s'était répandue en Franche-Comté depuis l'abbaye suisse d'Einsiedeln lors de la Contre Réforme.